Desde a década de 1960 a UniSant’Anna investe no esporte cedendo bolsas de estudo para atletas.
Com a criação da coordenadoria esportiva em 1996, os resultados aumentaram e o maior feito, foi o título Mundial Universitário de Futebol feminino em 2001.
Os atletas de maior destaque na instituição foram Aurélio Miguel (judô), Hugo Hoyama (tênis de mesa) e Maurreen Magi (atletismo).